在深海遗迹中，沉睡的古代文明“海底人”因人类核试验惊醒，他们派出守护神兽“美加洛”摧毁地表世界。哥斯拉察觉威胁，从北海登陆，在东京湾与美加洛展开激战。美加洛能释放强电磁波，操控巨大机器人“盖刚”助战，哥斯拉一度被压制。关键时刻，哥斯拉运用原子吐息和甩尾攻击，炸毁盖刚后与美加洛肉搏。最终，哥斯拉引动海底火山爆发，将美加洛熔入岩浆。影片展现怪兽对决的视觉冲击与环保警示，引爆粉丝情怀。
